Клуб начал свою историю с женской футбольной секции Спортклуба МГУ им. М.В.Ломоносова осенью 1987 г. (с 1991 г. - Женский футбольный клуб “Университет”). Студенческая команда МГУ стала одной из основоположниц женского футбола в СССР в 1987-1988 гг., в 1989 г. приняла участие в Чемпионате Профсоюзов СССР, по итогам которого добилась права выступать в высшей лиге 1-ого Чемпионата СССР.
     В дальнейшем команда регулярно играла в первых и высших лигах Чемпионатов СССР и России по футболу и мини-футболу.

      Команды девушек клуба становились чемпионками Москвы по футболу и мини-футболу, команды юношей - чемпионами округа, призерами Первенства Москвы, приняли участие в кубке МФК «Дина» по мини-футболу в 2001 г. С 2001 по 2004 г. ФК «Алектан» был участником Чемпионата Москвы по футболу и мини-футболу для ДЮСШ и клубов (8 команд по возрастам) среди юношей.

      На базе ДЮСШ клуба (юноши 1984-89 г.р.) была сформирована молодежная команда, которая пробовала свои силы во взрослом футболе - Первенстве Москвы среди КФК и Чемпионате России по футзалу.

      Женская команда являлась постоянным участником Чемпионатов Москвы по футболу и мини-футболу. В 2006 г. в связи с отказом Федерации футбола Москвы проводить Чемпионаты по футболу и мини-футболу среди женских команд, ФК «Алектан» стал участником Чемпионатов Московской области и завоевал бронзовые медали летнего сезона.

      В 2003 г. женская команда дебютировала в Чемпионате России по футзалу (футболу в залах); в 2004 г. выступала в высшей лиге, а с 2005 по 2008 г. играла в Суперлиге Чемпионата России. В год 20-летия клуба команда завершила сезон на 5 месте в Суперлиге, что стало наивысшим на тот момент достижением клуба.
      В зимнем сезоне 2007-08 гг. в связи с положительными изменениями в деятельности АЖМФР команда вернулась в Чемпионат России по мини-футболу (первая лига).
      С 2008 по 2010 г. при клубе действовала группа спортивного совершенствования, сформированная, в основном, из иногородних девушек. Костяк этой группы и составил основу команды, которая в сезоне 2009-2010 гг. представляла Москву в высшем свете российского женского мини-футбола.
      Сейчас мы, по-прежнему, приглашаем перспективных молодых спортсменок из разных уголков страны, отдавая предпочтение тем, кто действительно хочет научиться играть в футбол. Девиз: Целеустремленность, Талант и Характер!
      Для москвичек в СЗАО Москвы постоянно действует разновозрастная группа подготовки, открытая для всех желающих.
      Все игроки женской команды клуба – любители: школьницы, студентки, сотрудницы Московских ВУЗов и других организаций. Тем не менее, в клубе подготовлены мастера спорта.

     Юбилейный 2012 год снова принес высокие результаты в футзале: женская команда вышла в финал Кубка России, а в Чемпионате финишировала третьей.

      Приоритеты в деятельности клуба:
      • опора на собственных воспитанников;
      • обучение всех желающих, независимо от возраста и времени начала занятий футболом;
      • вывод каждого игрока на его максимально возможный уровень;
      • гармоничное сочетание всех видов футбола.

      Клуб ищет поддержку в обеспечении деятельности детской спортшколы, развитии футбола среди студенток, проведении турниров, зимних и летних спортивно-оздоровительных лагерей, участия в соревнованиях, в том числе международных, развитии материально-технической базы.

      Клуб приглашает к сотрудничеству школы, ВУЗы и другие образовательные учреждения г. Москвы и Московской области.